Geralmente, a melhor prática é executar serviços como um usuário não root. No meu sistema Ubuntu, a instalação do neo4j utilizou o neo4j como nome de usuário neo4j. Se você estiver instalando a partir dos repositórios oficiais, usando o apt-get, este deve não ser um problema. Esses usuários não devem estar em nenhum grupo que possa obter privilégios de root, como wheel, suers ou admin. Não deve ser capaz de usar o sudo.
Mas ...
Se você deve (ou escolheu) escrever seu próprio script de inicialização ou fazer uma instalação não baseada em um repositório oficial, ele executa uma raiz, cria um usuário e usa "sudo -u command" para não executá-lo como root .
Veja como criar um usuário: link