Como parece que você deseja apenas descer para os subdiretórios imediatos, é possível evitar find e executar cada make clean em uma subshell, por exemplo
for d in */; do (cd "$d" && make clean); done
Você pode adicionar um teste para a existência de um Makefile, se desejar, mas o make falhará normalmente se não encontrar um (ou se não houver% de destino clean ).