Como parece que você deseja apenas descer para os subdiretórios imediatos, é possível evitar find
e executar cada make clean
em uma subshell, por exemplo
for d in */; do (cd "$d" && make clean); done
Você pode adicionar um teste para a existência de um Makefile, se desejar, mas o make
falhará normalmente se não encontrar um (ou se não houver% de destino clean
).