Você não pode desativar o firewall remotamente. Desativar um firewall remotamente (sem usar o ssh para entrar no console) vence a finalidade do firewall!
Eu tenho medo que você tenha que usar o painel de controle EC2 da Amazon para entrar nele. Eu não estou familiarizado o suficiente com o EC2 para guiá-lo exatamente como fazê-lo, mas tenho certeza de que eles têm algum tipo de processo de recuperação ou conexão com o console.
Se você me der um pouco, posso tentar fazer login no meu EC2 e ver como fazer isso.