Você não precisa se preocupar com a corrupção do sistema de arquivos, desde que faça limpezas e desmontagens. Evite editar arquivos de configuração do sistema 1 . Você pode editar seus próprios documentos sem preocupação; muitas pessoas inicializam seus sistemas e trabalham com seus arquivos em vários sistemas operacionais.
1 Desde que suas edições estejam corretas, você também deve estar bem com elas.