Estou usando o Xubuntu 14.04
O Xubuntu me impede de fazer certas coisas, como atualizador de software ou instalar coisas através do gerenciador de software. No entanto, eu ainda posso fazer as coisas através do terminal. Por exemplo: Se eu navegar para o menu do sistema, clique em Atualizador de Software, ele irá aparecer, não fazer nada e, em seguida, diga que não posso fazê-lo. Mas se eu fosse abri-lo através do terminal funciona bem.
Eu faço tudo através do terminal, mas se bem me lembro, há algum programa (possivelmente gksu ou gksudo ; pode haver um diferente para o xubuntu) que solicitará sua senha quando você tentar fazer coisas que requerem raiz através do gui. Verifique se você tem aqueles instalados.