Eu escreveria um script bash simples para executar rsync
para cada tipo de backup necessário. Nada poderia ser mais rápido de executar, e definir as opções em qualquer utilitário de backup da GUI será tão complicado quanto um script baseando-se no rsync.
Uma pesquisa rápida no google encontrará alguns bons tutoriais com exemplos . Eu tenho três em execução como tarefas cron na minha área de trabalho.