Tente isto:
Abra um terminal
Pressione Ctrl + Alt + T
Execute:
sudo -i
apt-get update
apt-get install --reinstall aptitude deborphan
aptitude remove '?and(?reverse-depends(ubuntu),?not(?reverse-depends(?exact-name(gnome))))'
aptitude remove '?and(?reverse-depends(unity),?not(?reverse-depends(?exact-name(gnome))))'
apt-get install --reinstall gnome
deborphan
apt-get --purge remove $(deborphan)
deborphan --libdevel
apt-get --purge remove $(deborphan --libdevel)
deborphan --find-config
dpkg --purge $(deborphan --find-config)
apt-get autoremove
apt-get clean
reboot
Isso remove os pacotes instalados que dependem inversamente do Ubuntu e do Unity e não daqueles do gnome.