Clique com o botão direito no ícone e, em seguida, você verá uma opção para redimensionar o ícone. Pelo menos, em 12.04 funciona.
Para alterar o tamanho do ícone padrão: No Nautilus (por exemplo, sua pasta pessoal) > Editar > Preferência > Exibições de guias > sob o padrão de visualização de ícones, altere o nível de zoom padrão.
Mas isso altera o tamanho de todos os ícones dentro do Nautilus.
Mas no Nautilus você pode alterar o tamanho do ícone em uma pasta específica em Visualizar > Aumente o zoom para obter o tamanho normal do ícone nessa pasta, e isso será lembrado após uma reinicialização.