Veja a solução que funcionou:
1. Instalar o comando da meia-noite ( sudo apt-get install mc
)
2. Execute-o como root e navegue até o diretório do pacote.
3. Digite o pacote (gravando [enter]), insira o diretório CONTENTS e copie todos os diretórios que foram removidos manualmente de volta ao seu lugar.
4. Reinstale o pacote (só para ter certeza de que tudo está "no livro").
5. Remova o pacote usando sudo apt-get remove virtualbox-5.0
.