Sim, há uma diferença. Os ícones do iniciador são .desktop arquivos que são um pouco semelhantes aos atalhos do Windows. Esses arquivos têm uma linha exec que chama o arquivo binário real para aquele programa, possivelmente com opções específicas
O lançamento do Firefox a partir do terminal, por exemplo, chama o binário real do Firefox.
Os comandos de terminal também estão conectados ao shell daquele terminal que os chamou. A menos que você anexe & amp; no final de um comando ou nohup , o terminal aguardará o término desse aplicativo e não responderá a nenhum outro comando (mas responderá a interrupções do teclado ou sinais como SIGKILL ou SIGSTOP)