Dependendo de como você fez sua atualização do OSX, todas as suas partições ainda estarão lá (definitivamente se você atualizou o modo padrão). Você pode verificar que suas partições do Ubuntu e Windows ainda estão lá no Utilitário de Disco.
Você acabou de atualizar para o El Capitan? Em caso afirmativo, você precisa primeiro seguir estas etapas: link
Em seguida, tente instalar novamente o rEFInd, da mesma forma que você fez antes.
Se isso não funcionar, provavelmente tentarei remover e reinstalar o rEFInd, o que pode ser um pouco complicado, pois, por padrão, ele é instalado na partição do gerenciador de inicialização em seu disco rígido - uma pequena partição 'oculta'.
Reinicie o computador e siga estas etapas para permitir o acesso à partição do gerenciador de inicialização (EFI). link
Em um terminal, para excluir refind, digite:
cd /Volumes/efi/./EFI
rm -rf refind
Em seguida, reinstale novamente.