Os tamanhos do bloco físico e lógico (setor) são determinados pelo hardware do disco e não podem ser alterados. A grande maioria dos discos rígidos hoje usa setores lógicos de 512 bytes, embora eu já tenha ouvido falar de alguns discos high-end que agora usam setores lógicos de 4096 bytes. Alguns gabinetes externos também mapeiam o tamanho do setor lógico para 4096 bytes.
A combinação de setores lógicos de 512 bytes com setores físicos de 4096 bytes pode resultar em problemas de desempenho se as partições não estiverem alinhadas em múltiplos de 8 setores. A maioria das ferramentas de particionamento hoje lida com isso automaticamente - na verdade, elas normalmente se alinham em múltiplos de 2048 setores (1 MiB), o que obviamente é um múltiplo de 8 setores e, portanto, funciona bem. (O uso do alinhamento do setor 2048 também funciona com muitos produtos RAID e SSD que exigem alinhamento em valores de potência de 2 maiores que 8, e é por isso que 2048 é o padrão.) Ferramentas mais antigas alinhadas nos limites de "cilindros". No passado distante (década de 1980), o alinhamento de cilindro produziu benefícios de desempenho; mas então "cilindros" tornou-se uma ficção conveniente, então uma ficção inconveniente, então um problema sério. As ferramentas do Linux ajustaram-se a essas mudanças de forma bastante lenta, mas hoje todos os principais programas ignoram os cilindros e usam o alinhamento do setor 2048 por padrão.
Você pode ajustar o valor do alinhamento para qualquer coisa que você quiser com gdisk - você deve digitar x para acessar o menu de especialistas e, em seguida, digite d para alterar o valor do alinhamento. Observe que essa opção está no menu experts por um motivo: se você não entender totalmente o que está fazendo, provavelmente terá mais problemas do que resolvê-los usando esse recurso. Mesmo se você for um especialista, a economia de espaço de mudar de um alinhamento de 2048 para 8 setores será trivial (abaixo de 1 MiB), então, eu quase nunca faço isso. (Eu sou o autor de gdisk .)