Esse é um problema conhecido, eu acho, acontece no KDE também.
Mas se você quiser capturas de tela quando o menu estiver em execução, poderá alternar para ferramentas de linha de comando ou definir um tempo limite.
Linha de comando, por exemplo, demora por 5 segundos: scrot -cd 5
Para ksnapshot, você pode atrasar por segundos e depois tirar uma foto.