Bem antes de eu lhe dizer as razões pelas quais não é possível que o gparted destrua seu HDD, eu lhe direi que o fdisk não pode lidar com partições maiores que 2TB, então você deve ser capaz de particioná-lo com partições 2x2TB. Mas eu não recomendaria isso.
A resposta que você está procurando é: "Sim, você pode fazer isso, mas tenha cuidado"
A resposta que outras pessoas vão querer (ou querem dar) é que o gparted realmente não pode destruir um disco como esse. Você pode fazer o que quiser em um disco rígido com formatação e particionamento e o que você tem (contanto que você não faça nada insano como escrever 10.000 TB por dia * coughcoughGoogecough *) e sempre pode ser reformatado. Gparted é o caminho a percorrer para qualquer coisa moderna. Ele funcionará com quase tudo (se é pós-guerra ao terrorismo) e é mais fácil de se trabalhar. Não vai doer usar o fdisk, mas apenas tenha cuidado. Para ficar do lado seguro, eu ficaria abaixo de 1,5 TB por partição em vez de tentar andar na linha, se você estiver usando o fdisk.
A resposta que eu quero dar é: "Use gparted. Não há absolutamente nada de errado com isso."