não danificará os arquivos, no entanto, os aplicativos sem o suporte 14.04 podem causar problemas. Ele vai pedir-lhe a remoção de ppa, nesse caso, tudo pessoal deve permanecer mesmo após o processo, no entanto eu faria um backup usando o "aptik" para aplicativos e copiar meus arquivos pessoais em algum lugar seguro caso as coisas fiquem sujas