Use os repositórios GetDeb.
Adicione o repositório instalando um pacote deb
cd
wget http://archive.getdeb.net/install_deb/getdeb-repository_0.1-1~getdeb1_all.deb
sudo dpkg -i getdeb-repository_0.1-1~getdeb1_all.deb
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-speedtest-cli
Depois disso, remova seu speedtest-cli
sudo rm /use/local/bin/speedtest-cli
Agora abra um terminal e comece por
speedtest-cli