Uma possibilidade seria você abandonar o prompt de comando pressionando:
Ctrl + Alt + F1 (ou qualquer tecla de função de F1 a F6).
Isso traria a você um prompt de login no qual você precisaria digitar seu nome de usuário (pressione enter), depois sua senha (pressione enter).
De lá, você precisará conectar e montar o disco rígido externo na sua máquina, seguindo estas instruções . Depois de montar o disco, você pode usar o comando cp para copiar seus arquivos de sua origem para o destino do disco rígido externo. Por exemplo:
cp -av /home/ubuntu/Documents /media/External_Drive_Name/backup_folder/