Apenas por experiência pessoal: não. Mas também não deve fazer isso no Windows. A hibernação por si só não deve ter nenhum impacto em um sistema, pois a hibernação é apenas uma preocupação durante as inicializações e paradas. Basicamente, despeja o estado da máquina em disco durante o desligamento e o carrega de volta na memória durante a inicialização.
Algumas coisas: a hibernação geralmente não funciona fora da caixa e é por isso que ela é desabilitada no Ubuntu por padrão (Suspender funciona melhor e foi escolhido como a opção padrão). Isso realmente depende do seu hardware e, se não for compatível, é impossível trabalhar.
Mas quando funciona, ele faz o trabalho e não diminui o ritmo do seu sistema. Um arquivo de hibernação precisa de espaço em um sistema para que um sistema que está quase cheio receba um impacto no desempenho, mas isso não é realmente um problema com a hibernação. Um sistema que precisa trocar para fazer as coisas terá um desempenho inferior ao ideal. Isso é o mesmo para Linux e Windows, mas provavelmente mais para um disco fragmentado e no passado o Linux teve menos problemas com a fragmentação (não sei como o Windows está fazendo nesse sentido hoje em dia).