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Se você configurá-lo em todo o sistema, o aplicativo que respeita a configuração de todo o sistema (não tem substituição manual ou ignora essas configurações) será afetado.
a) Sim, conforme proposto no comentário. Mas o proxy SOCKS é bem diferente, já que deve direcionar todo o tráfego através dessa porta.
b) Você preencheu o URL de configuração?
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Sim. Se você configurar o proxy manual para e no Firefox, somente o Firefox será afetado.
Responder apenas a partes que conheço. Outros são deixados para outros respondentes.