Ainda não posso comentar, e não tenho certeza se entendi o problema, mas vou tentar.
- Defina os diretórios como executáveis para todos os usuários ( fonte )
- adicione o usuário que você faz login no grupo www-data se os diretórios forem executáveis para o grupo
(Ou você não quer mudar permissões executáveis também?) então, supondo que o diretório tenha habilitado a execução para o usuário, você teria que se logar no servidor remoto como www-data (ou já está fazendo isso? não mencione ..)