Se você não se importa com configurações de aplicativos já existentes da conta B, copie o conteúdo de /home/accounta com todos os arquivos ocultos e sobrescreva tudo em /home/accountb , eu acho. Você pode simplesmente fazer isso em um terminal: sudo cp -R /home/accounta/* /home/accountb/ .
Senão você teria que ordenar tudo à mão. Eu recomendo criar uma nova pasta na conta A (enquanto estiver logado na conta A) e mover tudo o que você precisa. Para ver arquivos ocultos no Nautilus, vá para (sem tradução livre) Edit → Settings → [ ] Show hidden files and backups e marque-o. Em seguida, mova-o como acima: sudo cp -R /home/accounta/new\ folder/* /home/accountb/ .
Por fim, acho que você terá que cuidar de algumas posses de arquivo. Eu acho que isso pode ser feito apenas executando sudo chown -R accountb /home/accountb && sudo chgroup -R accountb /home/accountb .
AVISO LEGAL: Eu não procurei nada disso. Para ter certeza, pelo menos, tente todos os comandos sem sudo e procure por erros de sintaxe, etc.!