fsck verifica o sistema de arquivos subjacente, físico, em blocos no disco. É necessário Fazer quando ninguém mais está acessando o disco (usuário único, inicialização ao vivo). Naquela época, sua pasta criptografada não é montada, portanto, não é visível, exceto como blocos em disco de dados binários com nomes de arquivos realmente bobos (faça um ls do subdiretório .Private/ para ver o que quero dizer). É somente quando você está logado, e mount ed sua pasta ecryptfs que é descriptografada, e pode-se dizer que "existe". Então, em ordem, as respostas para suas múltiplas perguntas são:
Não.
Não é possível dizer que essa pasta "existe" em fsck time.
Como a pasta criptografada é mount ed e aparece em /etc/mtab , ela será "tratada" quando você fizer um encerramento educado ( sudo shutdown ou shut down do menu Log out ). basta matar a energia, ou parar a VM, você corromperá seus sistemas de arquivos criptografados (e não criptografados), eventualmente, devido a meta informações atualizadas do disco na RAM não serem gravadas em "disco". fsck pode então detectar "consertar") problemas com o sistema de arquivos subjacente, físico, em blocos-em-disco, que poderia destruir o sistema de arquivos criptografado. Fazer shutdowns educados.
Os sistemas de arquivos que você está se preocupando não foram criados em fsck time.