O GRUB provavelmente foi instalado no outro HDD. Para consertar isso, você terá que usar um liveCD, gravado em um USB ou um disco. Uma vez que o seu computador desktop execute estes comandos em um terminal para instalar o reparo de inicialização, Um programa destinado a reparar problemas comuns do GRUB.
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y boot-repair && boot-repair
Uma vez instalado, digite boot-repair
e selecione a opção "reparo recomendado" e tente reinicializar sem o LiveCD quando terminar.
Isso deve resolver, se não relatar aqui. Boa sorte!