No melhor de meu conhecimento, não há utilitários de reparo do Linux NTFS. A ferramenta ntfsfix
pode parecer uma, mas faz apenas as verificações mais rudimentares e sinaliza a partição para reparo no Windows. Assim, sua melhor aposta é fazer o reparo no Windows e perguntar sobre isso em um fórum do Windows.
Se você usa um disco exclusivamente no Linux, o NTFS é uma escolha ruim. Parte da razão é o que acabei de relacionar; mas o NTFS também é lento (no Linux) e não possui recursos do sistema de arquivos Unix / Linux. Para trocar dados entre Windows e Linux, o FAT provavelmente será melhor, com a principal limitação de que o FAT tem um limite de tamanho de arquivo de 4GiB, o que pode ser um problema para muitas finalidades, tornando o NTFS uma escolha necessária para muitas pessoas.