Como @xangua apontou, o terminal de panteão está usando o novo componente de decoração do lado do cliente de "barras de cabeçalho" do GTK. O Unity no Ubuntu 15.04 não parece suportar isso. Uma solução não oficial para o problema que enfrentei foi desativar as decorações do lado do cliente para o aplicativo afetado:
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt-get update
sudo apt-get install gtk3-nocsd
gksu nano /usr/share/applications/pantheon-terminal.desktop
Edite sua linha Exec=
para se parecer abaixo:
Exec=env LD_PRELOAD=/usr/lib/gtk3-nocsd/gtk3-nocsd.so pantheon-terminal
Agora a barra de cabeçalho do terminal do panteão não é mais transparente em Unity:)
EDIT: Eu agora aconselho contra a versão atual da solução alternativa gtk-nocsd (0-1 + git20140824), pois faz com que as partes da GUI de alguns programas como hplip-3.15.6 segfault quando executado a partir de o terminal do panteão. Os autores nocsd parecem estar trabalhando em algumas correções para isso, no entanto: link