Existe o pacote alsa-tools-gui que agrupa uma aplicação chamada hda -jack-retask que permite "retasking" de portas de áudio de hardware.
Para instalar o pacote, execute o seguinte em uma janela de terminal ( CTRL + ALT + t ):
sudo apt-get install alsa-tools-gui
Depois, você poderá iniciar hdajackretask
e reconfigurar as portas conforme necessário.