Para alterar sua versão padrão do Java, você pode executar
sudo update-alternatives --config java
Um aviso aparecerá, mostrando todas as versões do Java que você instalou. Insira o número da lista para a versão que você quer que seja o padrão.
Se você deseja executar um programa com uma versão Java não padrão, é necessário executar o comando
/path/to/java-install/java -jar /path/to/program.jar
Isso obviamente funciona apenas com .jar arquivos, por isso, talvez seja melhor ter dois scripts que podem alternar a versão padrão.