Não faça
anycommand filename > filename
O shell processa o redirecionamento antes de iniciar o comando. O redirecionamento > file primeiro truncará o arquivo para que seu tamanho seja 0 bytes. Então, quando o comando é iniciado, ele tem um arquivo vazio para trabalhar.
O comando sponge do pacote moreutils existe para apenas este propósito:
anycommand filename | sponge filename
Para responder à sua pergunta, você vai querer usar sed para editar o seu arquivo
sed -i 's,/d[0-5]/,,' filename
O sinalizador -i do sed salvará as alterações no mesmo nome de arquivo.