Isto é aparentemente devido a um bug maior no menu de aplicativos. Para que uma pasta seja exibida, ela deve ter pelo menos um ativador nela. Como a pasta "Programas" do Wine pode ser instalada apenas com subpastas, ela não é exibida (mesmo se houver lançadores nas subpastas). Veja este relatório de erros e a solução alternativa na resposta:
Eu tive esse problema em uma máquina e não em outra. O que mostrava o menu tinha instalado o Wine com um lançador para o MS Access na pasta Programas. Na máquina com problemas, não havia lançador. Eu adicionei um lançador para um programa do Windows para a pasta Programas, e agora é visível.