O código-fonte do SO de 64 bits será diferente apenas para suportar a arquitetura de 64 bits e os recursos extras exigidos por ele. Todo o resto (incluindo a GUI) deve ser essencialmente o mesmo.
Essas alterações são de back-end e não estarão visíveis para você na GUI. A única diferença que eles fazem é no desempenho e no uso da RAM.
As razões pelas quais você encontrou alterações são provavelmente
- Você está vendo duas versões diferentes do Ubuntu
- Você está vendo sistemas que são configurados de forma diferente e têm diferentes conjuntos e / ou diferentes versões de softwares.