Você pode gerar um shell de bash dentro de uma instância mate-terminal , alterar o diretório de trabalho mate-terminal para ~/Desktop e executar seu arquivo jar dentro dele na inicialização, adicionando este comando a Startup Applications:
mate-terminal -e "sudo -H /bin/bash -c \"cd ~/Desktop && java -jar executable.jar; /bin/bash\""
- Pressione a tecla Super , digite "Startup Applications" e pressione Enter
- Nomeie seu comando, digite o nome no campo "Nome" e digite o comando no campo "Comando"
- Clique em "Salvar" e clique em "Fechar"

Resumodoscomandos:
mate-terminal-e"<command1>": abre uma instânciamate-terminale executa<command>-
sudo -H /bin/bash -c \"<command1.1>\": gera um shell de raizbashe executa<command1.1> -
cd ~/Desktop && java -jar executable.jar; /bin/bash: altera o diretório de trabalho demate-terminalpara~/Desktop, executajava -jar executable.jare gera outro shell de raizbashque estará disponível para outros usos