Isto não é por causa do Ubuntu ou Windows, é porque o seu HDD tem alguns setores defeituosos, tente executar um aplicativo de teste do HDD como o HDD Scan 3.3 para testá-lo, depois de encontrar os setores defeituosos e o Like Like HDD Regenerator ( grátis) para consertá-lo.
se o setor defeituoso não puder ser reparado, você pode tentar cortar a parte do disco rígido que o possui, torná-lo não alocado.
Se todos os itens acima não ajudarem você a resolver seu problema, é necessário comprar um novo HDD!
Nota: eu recomendo usar o BootCD do Hiren para este Hiren's BootCD