Não, não é uma coisa ruim. Eu tenho usado um / home no meu SDD há pelo menos 2 anos.
Mas alterei /home/$USER/.config/user-dirs.dirs
para que todos os meus diretórios de usuários apontem para o meu disco rígido. Esses diretórios (como Downloads e Desktop são minhas duas principais áreas onde as coisas são escritas e armazenadas).
Eu planejo o fracasso: meu SDD não possui dados pessoais. Se falhar, compre-me um novo e reinstale o Ubuntu. Minhas coisas pessoais no meu disco rígido que eu não posso restaurar (assim endereços, um passwordsafe, coisas vpn etc e não música, filmes ou software que eu possa baixar novamente) são também em 2 pen drives.
Os 15 minutos necessários para reinstalar o Ubuntu no meu SDD fazem com que valha a pena manter as coisas do sistema operacional padrão nele.