Tudo bem, depois de um tempo puxando meu cabelo para fora, fui até remover os arquivos de configuração do gnome com esse comando
rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity
Isso resultou em apenas colocar minha área de trabalho de unidade de volta à configuração padrão, porque o que resolvi em seguida resolveu meu problema, e a unidade foi redefinida para os padrões, não sei qual deles fez o quê, mas apenas removendo xdiagnose com:
sudo apt-get remove o xdiagnose
não funcionou, o comando que removeu todas as configurações do xdiagnose que funcionaram foi o seguinte:
sudo apt-get purga --auto-remove xdiagnose
Não sei qual foi a grande diferença, mas removi muito mais material, e até mesmo algum tipo de coisa fglrx que ainda persistia, eu acho. O resultado é que o Unity carregou após o reinício e todos os aplicativos e tal estavam intactos, só que eu estava no display de unidade padrão, porque eu removi os arquivos de configuração do gnome, eu acho. O problema, porém, é que ele ainda estava fazendo a inicialização do debug, fazendo todos os oks verdes e outras coisas ao reiniciar a máquina, então, para consertar isso, eu reinstalei o xdiagnose:
sudo apt-get install xdiagnose
carregou, e para minha surpresa, todas as funcionalidades foram verificadas, então eu desmarcou as duas principais opções, e então a máquina reiniciou normalmente, usando o xserver, e tudo está bem no mundo mais uma vez. Espero que ajude alguém nessa bagunça.