Supondo que você está se referindo a Docky , você pode usar o gconf-editor para isso. Pressione Alt+F2 e digite gconf-editor para abrir o editor de configuração do Gnome. Se não estiver instalado, digite:
sudo apt-get install gconf-editor
em um terminal ( Ctrl+Alt+T ).
Você pode então navegar para Apps -> Gnome Do -> Preferences -> Docky -> Utilities -> Dock Preferences (ou qualquer que seja o caminho) e deve poder selecionar o item "Posição" e alterá-lo para qualquer posição que desejar.
EDIT: Eu notei que você quer ser capaz de fazer isso a partir da linha de comando, você pode usar gconftool-2 da mesma maneira. por exemplo.
gconftool-2 --set /apps/docky-2/Docky/Interface/DockPreferences/Dock1/Position --type=string Top
(O caminho pode ser diferente no Ubuntu, como eu estou atualmente executando o Arch e não tenho acesso a uma máquina Ubuntu)
Fonte 2, encontre algumas informações interessantes sobre o uso do GConf aqui .