Adicione o usuário desejado em hidden-users no arquivo /etc/lightdm/users.conf . Abra com sudo -H gedit /etc/lightdm/users.conf
Para o login manual, você precisará da linha greeter-show-manual-login=false no arquivo /etc/lightdm/lightdm.conf . Você pode abri-lo com sudo -H gedit /etc/lightdm/lightdm.conf

Atualizar
Então, o método aceito não funciona no Ubuntu 14.04, mas esta resposta aqui parece funcionar . Edite um arquivo para o usuário que você deseja ocultar em /var/lib/AccountsService/users/ , especificamente linha SystemAccount=true . Reinicie o lightdm com sudo service lightdm restart