Existem muitos problemas com drivers proprietários NVIDIA e ATI / AMD para as versões de kernel 3.19 e 4.0. Existem correções conhecidas para drivers NVIDIA, mas a correção desses problemas só permite compilar os drivers e ainda apresenta problemas com o GDM e o Gnome.
Para mim, eu tive que usar lightDM e LXDE para usar meus drivers NVIDIA. Eu poderia ter optado por usar os drivers de código aberto e preso com GDM e Gnome, mas isso me impede de utilizar certas funcionalidades em minhas placas gráficas.
Suas características ou otimizações neste kernel específico fazem com que você realmente precise dele? Eu sugeriria apenas esperar até que todos pudessem acompanhar as novas versões e para que tudo se tornasse mais estável.
Quando você instala os drivers FGLRX, há algum erro DKMS quando o initramfs é atualizado? Isso pode ajudar a determinar se há um problema com o driver ou se há um problema com o próprio lightDM.
Já tentou mudar para o GDM vs lightDM?