Estou correndo:
vlc --version
VLC media player 2.1.6 Rincewind (revision 2.1.6-0-gea01d28)
mas também com alguns arquivos desde que o VLC existiu ...
O VLC é realmente robusto, mas até mesmo o VLC pode não corrigir de todos os erros em arquivos mal codificados e outros jogadores podem nem mesmo reproduzir o arquivo! O que eu faço então é:
nice --adjustment=18 avconv -i /path/to/file.ext -c:v libxvid -vtag XVID -g 250 -bf 2 -me_method epzs -qmax 6 -metadata title="file2.ext" -metadata artist="" -r 25 -aspect 16:9 -c:a libmp3lame -metadata title="" -ar 44100 -ac 2 -ab 128k /path/to/file2.ext
Isto irá transcodificar o arquivo para xvid no mesmo container (na maioria das vezes você verá um zilhão de erros de tempo e correções) e então ele vai tocar normalmente.
De vez em quando você encontrará um arquivo que mesmo com uma transcodificação não funciona bem. Em seguida, basta voltar para a fonte (DVD / CD / Download / ...) e obter outra cópia da fonte.