Se você realmente quiser apenas criptografar um diretório, use o encfs. Você precisa de uma segunda pasta, que é onde você vai trabalhar. Na segunda pasta, tudo parece descriptografado enquanto está montado.
Na página do encfs:
encfs ~/.crypt ~/crypt
A primeira vez que você configurará a senha. Depois disso, você usa o mesmo comando para desbloqueá-lo.
Os arquivos armazenados em ~/crypt parecem normais, mas na verdade serão armazenados criptografados em ~/.crypt , que está oculto por causa do nome do arquivo que começa com um ponto. Você pode usar qualquer nome de pasta que quiser, é claro.
Como alternativa, ao instalar o Ubuntu, você tem a opção de criptografar todo o disco ou criptografar sua pasta pessoal. Também é possível formatar unidades externas totalmente criptografadas. encfs é melhor se você realmente deseja apenas criptografar uma pasta ou se deseja criptografar arquivos em uma unidade NTFS ou em uma unidade de rede.