Estou usando o Xubuntu 14.04 e recentemente encontrei alguns ícones faltando em Whisker Menu . Terminal Emulator costumava estar em Accessories , mas acabou. Ainda posso ver Terminal Emulator em Applications > Accessories se eu clicar com o botão direito do mouse na área de trabalho. E há menos ícones do que costumava ser em Favorites in Whiker Menu . Tentei redefinir xfce4 de acordo com as respostas nesta pergunta , mas não funciona.
Bem, acabei de encontrar o que causa esse problema. Isso ocorre porque eu adicionei export XDG_CURRENT_DESKTOP=xfce em ~/.profile . Eu adicionei essa linha para permitir que o Qt5 porgram use a caixa de diálogo nativa do arquivo gtk, mas isso causa um problema não intencional.