Depois de uma reinicialização, descobri que, se o guake não estiver em execução, a combinação ctr + alt + t o inicia.
Portanto, o problema era que o emulador x-terminal foi alterado para guake ao invés do terminal gnome. Para voltar, digite:
sudo update-alternatives --config x-terminal-emulator
Selecione /usr/bin/gnome-terminal.wrapper