Este é o conteúdo do seu arquivo sudoers?
www-data ALL=(ALL) NOPASSWD: /sbin/iptables
Certifique-se de passar o caminho completo do executável.
Aqui está o código em python:
#!/usr/bin/env python3
import subprocess as sp
sp.call(['sudo', '/sbin/iptables' , '-S'])
Aqui está alguém que encontrou um problema semelhante no PHP: