O seguinte trabalhou no TeXStudio 2.11.2 no Ubuntu 17.04:
No visualizador, escolha Janela > Mostrar > Barra de ferramentas Na barra de ferramentas, você pode alternar o botão de zoom ou o botão de mão. De qualquer forma, desativa o comportamento click = nextpage, restaurando o comportamento desejado do clique com o botão Ctrl pressionado.
Não sei como você pode restaurar o comportamento click = nextpage se quiser, mas suponho que não.