Você não pode formatar uma unidade que contenha o sistema operacional fazendo a formatação, caso contrário, ela se apagaria.
Como @thomasrutter disse, entenda que a formatação vai acabar com TUDO nessa partição.
A maneira mais fácil de fazer isso é fazer um Ubuntu inicializável em pen drive ou CD, o Ubuntu inclui o criador de disco de inicialização para isso. Quando você inicializar sua tela POST deve dizer algo ao longo das linhas pressione F2 ou F12 para configuração, pressione F10 ou DEL para a ordem de inicialização. Vá para Boot Order, selecione o pendrive e inicialize nele, no menu, selecione Try without Installing, que irá carregar um Ubuntu Live USB. Nesse ponto, você pode usar GParted ou Discos para apagar qualquer coisa que seu coração agrade