Eu não gosto do Rhythmbox. Eu uso o Banshee (que vem como padrão no Linux Mint e, no que me diz respeito, deve vir como padrão no Ubuntu). O Banshee tem uma aparência semelhante ao Rhythmbox, mas acho que ele é mais suave e melhor. Você pode encontrá-lo no Ubuntu Software Center simplesmente pesquisando o Banshee. Então, para remover o Rhythmbox, você pode ir para a seção "Instalado" do Ubuntu Software Center, clicar para ver a seção Som e Vídeo, clicar em Rhythmbox, e apenas clicar em Remover.
Ao adicionar sua mídia ao Banshee, você irá para Mídia > Importar Mídia e escolherá importar de Pastas. Em vez de importar toda a partição NTFS, vá até onde você realmente tem sua música e importe essas pastas. Ao importar toda a sua partição NTFS, não importa qual media player você usar, isso levará tudo o que estiver em sua partição NTFS, incluindo a mídia do jogo.