Simplesmente quando você instala os pacotes do site, certifique-se de instalá-los em ambos os sistemas python. Por exemplo, se você deseja instalar pygame em python 2 e 3:
apt-get install python-pygame # for python 2.x
apt-get install python3-pygame # for python 3.x
Lembre-se também que o comando para iniciar o interpretador do Python 3 a partir do terminal é:
python3