Qual é o tipo de sistema de arquivos para o qual você está fazendo o backup de arquivos? Eu acho que desde que você está fazendo o backup em um Ubuntu é o ext4.
Sistemas de arquivos diferentes podem ter sobrecarga diferente ao alocar espaço para arquivos.
No armazenamento de dados, a menor quantidade de espaço em disco que pode ser alocada para
manter um arquivo é chamado de cluster. A maioria dos arquivos não é do mesmo tamanho que
tamanho do cluster em um disco rígido. A diferença entre o tamanho real do arquivo
e o tamanho do cluster é chamado de folga de arquivo. A folga do arquivo é um espaço desperdiçado.
Sempre haverá espaço desperdiçado, independentemente do tamanho dos clusters.
O tamanho do arquivo mais a folga do arquivo é igual ao Tamanho no disco.
Se o seu disco rígido tiver tamanho de cluster de 4KB e você tiver um arquivo de 1 KB,
Propriedades do arquivo irá mostrar:
Tamanho: 1.00 KB (1.024 bytes)
Tamanho no disco: 4.00 KB (4.096 bytes)
Você pode ler mais sobre clusters na wikipedia
link
Portanto, a resposta curta é que no sistema de arquivos diferente você terá diferentes tamanhos de arquivo.
A comparação de diferentes sistemas de arquivos:
link
EDIT: você também pode ler esta resposta:
Por que o mesmo arquivo mostra tamanhos diferentes em operações diferentes Sistemas