Há mais de um leitor de PDF para o Ubuntu. Eu recomendo strongmente que você tente outros leitores antes de se esforçar muito para consertar o que não funciona. Basta abrir o centro de software, digitar PDF e escolher um. "
Ocorre que se você estiver usando os navegadores google chrome ou chromium, poderá estar visualizando usando um visualizador de PDF on-line que pode estar falhando por outros motivos. Eu descobri que o Google Chrome está instável ultimamente e não estou sozinho.