Os dados nunca serão perdidos durante uma atualização: seus dados são armazenados no diretório /home e a atualização afeta as outras partes do sistema. O que pode ser perdido são as configurações do seu aplicativo e as preferências da sua área de trabalho (isso nunca aconteceu quando eu realizei atualizações de versão).
Se você é paranóico, faça backup de seus dados importantes em um disco rígido externo, desconecte-o e faça a atualização posteriormente.