Uma maneira muito melhor de instalar os drivers mais recentes para a nvidia é fazer isso a partir do ppa. Nesse caso, eles permanecerão após as atualizações do kernel. Basta executar no terminal
sudo add-apt-repository ppa:xorg-edgers/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-346
sudo add-apt-repository -r ppa:xorg-edgers/ppa
E você instala o mesmo driver da maneira correta.